El juego comienza con una historia típica de otros juegos de la serie Mario.1 El villano Bowser secuestra a la Princesa Peach, pero esta vez con el propósito específico de casarse con ella.2 Al principio, Mario es derrotado por Bowser y pierde su sombrero rojo. Pronto, el héroe se encuentra con un sombrero fantasma llamado Cappy, quien le ofrece su ayuda.3 Su hermana Tiara también fue secuestrada por Bowser, a quien quiere usar como corona para Peach,2 y el fantasma sugiere que se unan para encontrar y derrotar a Bowser.4
Los héroes comienzan a viajar alrededor del mundo, siguiendo los pasos del villano1 en el barco volador «Odyssey»,3 se dan cuenta de que Bowser ha estado devastando los reinos locales1 y robando sus objetos más valiosos en preparación para su boda,2 por ejemplo, un vestido de novia del Reino de los Lagos o un pastel del Reino de las Nieves.3 Mientras el héroe busca alcanzar a Bowser, una pandilla de liebres Broodals se interpone en su camino. Mario debe luchar contra cada uno de ellos3 y restablecer el orden en los reinos.3
